Der Vorgang beginnt mit dem Anbau verschiedenartigster Heilpflanzen, welche die Base des Medikaments bilden. Nach ihrer Ernte und wenn sie sämtliche Filter der Qualitätskontrollen durchlaufen haben, wird jede Pflanzengattung zerschnitten, und wenn nötig, die als Arznei brauchbaren Anteile von den unbrauchbaren Anteilen getrennt. Darauf folgt der Gärungsprozess von 20 bis 25 Tage. Die fermentierte Pflanze wird schließlich destilliert, wodurch die Alkohole und ätherischen Öle gewonnen werden. Der Rest der pflanzeneigenen Mineralstoffe und Spurenelemente wird zu Asche verbrannt und dann bei 400°C kalziniert um die hochwertigen mineralischen Substanzen zu erhalten. In der Schlussphase werden sämtliche in den verschiedenen Schritten von der Grundpflanze gewonnenen Elemente vereint („spagyrische Heirat“) was zu einem viel wirkungsvolleren Medikament führt als die eigentliche Pflanze allein.

Der Arzt, oder eine andere Fachperson in Spagyrik, mischt die spagyrischen Lösungen entsprechend der vom Patienten beschriebenen Leiden.